市域内高山峡谷森林茂密，森林面积342.69万亩，主要树种有冷杉、云杉、落叶松以及桦、高山栎等。高山密林栖息着国家级保护动物金钱豹、白唇鹿、梅花鹿、扭角羚等，还有国家级珍稀禽类。据1985年中药材资源普查表明，马尔康市有野生中药材1303种，分属200科、596属，有全国重点普查中药材130种（占43%），资源蕴藏量2300万公斤，素有“天然药库”之称。常年出产的名贵中药材有麝香、鹿茸、熊胆、牛黄、虫草、川贝母；大宗中药材有羌活、独活、大黄、秦艽、木香、党参、当归、黄芪、赤芍、五加皮、甘松、铁棒槌等30余种。

草原面积427.74万亩，其中，可利用面积371.91万亩。“两化三害”面积中，尚无草原沙化退化现象，鼠害面积20.83万亩。

我市境内有丰富的水资源，境内河流湍急，湖泊罗列。市域树枝状水网密布（共有3河69条溪），溪河高度发育，河谷幽深，水流湍急，落差大，流域广，水能资源极为丰富。水能理论蕴藏量达720万千瓦。全市河流分属1个水资源一级流域（长江区），1个水资源二级流域（岷沱江），1个水资源三级流域（大渡河），流域面积为27437.36平方公里。